Μείζον θέμα έχει δημιουργηθεί στο Φυσικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Κρήτης από τον αποκλεισμό δύο φοιτητών από μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών του Φυσικού Τμήματος, όπως καταγγέλλουν συνάδελφοί τους φοιτητές, εξαιτίας των ριζοσπαστικών τους απόψεων.
Το όλο ζήτημα έχει απασχολήσει και τις φοιτητικές παρατάξεις, κάποιες εκ των οποίων έχουν αντιδράσει έντονα, ενώ με την επιλογή της αρμόδιας επιτροπής μεταπτυχιακών σπουδών έχουν διαφωνήσει αρκετοί καθηγητές του Φυσικού Τμήματος. Οι δύο φοιτητές έχουν βαθμολογία 8,5 ο ένας, και είναι ο καλύτερος φοιτητής στο έτος του, και 7 ο άλλος, που θεωρείται καλή βαθμολογία σε ό,τι αφορά το συγκεκριμένο τμήμα. Σύμφωνα με πληροφορίες, δεν τους έχει δοθεί σαφής απάντηση για ποιο λόγο έγινε ο αποκλεισμός τους, σε σχετική γραπτή αίτησή τους. Το γεγονός της μη αιτιολογίας της απόρριψης εκ μέρους των υπεύθυνων οργάνων, της Επιτροπής Μεταπτυχιακών Σπουδών του Φυσικού Τμήματος και της Γενικής Συνέλευσης Ειδικής Σύνθεσης, σε συνδυασμό με την έντονη και πλούσια συνδικαλιστική και πολιτική δράση που είχαν αναπτύξει στο προπτυχιακό στάδιο σπουδών στον χώρο των αριστεριστών οι δύο φοιτητές, κάνει εκπροσώπους φοιτητικών παρατάξεων αλλά και κάποιους καθηγητές να μιλούν ευθέως «για διωγμό άριστων φοιτητών» και για «ποινικοποίηση του φοιτητικού κινήματος». Μάλιστα, ο ένας φοιτητής είχε πραγματοποιήσει, εκτός από τις υψηλού επιπέδου επιδόσεις του στο Πανεπιστήμιο, και σημαντικές εργασίες στο Ιδρυμα Τεχνολογίας και Ερευνας (ΙΤΕ). Ο αντιπρύτανης του Πανεπιστημίου Κρήτης, Ιωσήφ Παπαματθαιάκης, που του θέσαμε υπόψη το όλο ζήτημα, μας είπε: «Δεν έχω πλήρη γνώση του θέματος, το εξετάζω όμως ύστερα από μία ανεπίσημη καταγγελία και μετά τη διερεύνηση, θα πάρω θέση». Ο πρόεδρος του Φυσικού Τμήματος του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθηγητής Γιώργος Τσιρώνης, που παρίστατο σε συνέδριο στη Ρόδο, μας ανέφερε τηλεφωνικά ότι: «Στο Φυσικό Τμήμα έχουμε δύο προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, ένα Προχωρημένης Φυσικής κι ένα Μικροηλεκτρονικής. Οι δύο κύριοι έκαναν μία πανομοιότυπη αίτηση και στα δύο προγράμματα. Στο πρώτο πρόγραμμα είχαμε 29 αιτήσεις και πήραμε 12 φοιτητές και στο δεύτερο πρόγραμμα είχαμε 18 αιτήσεις και πήραμε 10 φοιτητές. Αν γίνει συζήτηση για τους δύο φοιτητές, πρέπει να γίνει συζήτηση και για τα προσόντα όλων των υποψήφιων φοιτητών, γιατί δυσαρεστήθηκαν και άλλοι φοιτητές που είχαν προσόντα. Αλλά αυτό δεν μπορεί να γίνει». Στα Μεταπτυχιακά, ανέφερε, οι προϋποθέσεις είναι πολλές: Καλοί βαθμοί, καλές συστατικές επιστολές ή μπορούν να μην έχουν καλούς βαθμούς και να έχουν σημαντικές γνώσεις ξένων γλωσσών ή μπορεί να τα πάει καλά κάποιος στη συνέντευξη αν γίνει συνέντευξη, κ.λπ. «Το Φυσικό Τμήμα έχει τα ίδια κριτήρια τριάντα χρόνια. Οποιος νομίζει όμως ότι υπάρχει θέμα, μπορεί να διαβάσει στην ιστοσελίδα την αξιολόγηση του Τμήματος από ξένους καθηγητές», μας είπε.