Την διαφοροποίηση της από το σχέδιο Αθηνά σχετικά με τον αριθμό των σχολών και τη διάρθωσή τους εκφράζει η Σύγκλητος του πανεπιστημίου Μακεδονίας.
Η Σύγκλητος του ΠΑΜΑΚ, προτείνει τη διατήρηση των πέντε σχολών του πανεπιστημίου, αντί των τεσσάρων που προβλέπει το σχέδιο, καθώς επίσης τη διατήρηση δύο τμημάτων του (Διοίκησης – Τεχνολογίας και Μάρκετινγκ & Διοίκηση Λειτουργιών), ώστε να μην απορροφηθούν από το τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων.
Στην τελική πρόταση του υπουργείου στο σχέδιο “Αθηνά”, το τμήμα Βαλκανικών Σπουδών του πανεπιστημίου παραμένει αυτόνομο, λαμβάνοντας υπόψη πρόταση του πανεπιστημίου.