Τη σφράγιση των εγκαταστάσεων του American University of Athens ζήτησε το Υπουργείο Παιδείας, «καθώς το ίδρυμα αυτό, κατά δήλωσή του, δεν έχει άδεια ίδρυσης ή λειτουργίας ως ΚΕΜΕ (Κέντρο Μεταλυκειακής Εκπαίδευσης), ούτε έχει υποβάλει αίτηση για την έκδοσή τους» όπως αναφέρεται σε ανακοίνωση του υπουργείου.
Το AUA προβάλλεται, επίσης, παρανόμως ως
«Πανεπιστήμιο» παρά το γεγονός, ότι, σύμφωνα με το άρθρο 17 παρ. 3 του ν. 3696/2008, «3. Πλην των δημόσιων Πανεπιστημίων δεν επιτρέπεται η χρήση του όρου ”Πανεπιστήμιο” στην ελληνική ή ξένη γλώσσα από οποιονδήποτε πάροχο υπηρεσιών εκπαίδευσης και κατάρτισης».
Το Υπουργείο Παιδείας είχε ενημερώσει τους εκπροσώπους του «Πανεπιστημίου» από τον Σεπτέμβριο του 2009, για την υποχρέωσή τους να καταθέσουν την άδεια ίδρυσης και λειτουργίας βάσει της οποίας λειτουργεί το AUA.
Το ίδρυμα, από την πλευρά του, ισχυρίζεται ότι είναι αμερικανικό νομικό πρόσωπο που εδρεύει στις ΗΠΑ και ως εκ τούτου δεν έχει ζητήσει να του χορηγηθεί άδεια ίδρυσης και λειτουργίας από το Υπουργείο Παιδείας.
Από το ΦΕΚ της σύστασής του προκύπτει, όμως, ότι πρόκειται για νομικό πρόσωπο που έχει συσταθεί σύμφωνα με τις διατάξεις που διέπουν τη σύσταση και τη λειτουργία των Μονοπρόσωπων Εταιρειών Περιορισμένης Ευθύνης στην Ελλάδα και επομένως δεν υφίσταται κανένας νομικός δεσμός με αμερικανικό νομικό πρόσωπο.